Обитает прибалтийский черношапочный сурок в сухих горных тундрах и альпийских лугах гольцового пояса. Сурки живут одной семье, причем в нее входит основная пара и потомство за последние 2-3 года жизни. Семья занимает отдельный участок, на котором могут быть норы разного уровня сложности.
Питается прибалтийский черношапочный сурок молодой сочной частью травы, причем он не отдает предпочтение ни одному из существующих сортов трав. На время зимовки сурок обмазывает стенки гнездовой камеры смесью земли и травы, и уже во второй половине сентября зверьки залегают в зимнюю спячку. Все сурки залегают в один ряд и плотно прижимаются друг к другу. Если в одной норме много сурков, то они могут размещаться в два яруса. Спячка продолжается до мая месяца. Но за несколько недель до выхода зверьков на поверхность, у них происходит спаривание. Один выводок насчитывает 5-6 прибалтийских черношапочных сурчат.
Основными факторами, влияющими на снижение численности сурка, являются минимальные запасы корма, небольшой бесснежный период. Специальных же мероприятий по охране прибалтийского черношапочного сурка не проводится.