Это вид с сокращающейся численностью, уязвимый для прямого уничтожения и косвенного антропогенного воздействия.
Распространение: В России был найден только в горных р-нах Краснодарского края. Вне Российской территории распространение охватывает Зап. и юж. часть Вост. Европы, Сев.-Зап. Африку, Переднюю и Среднюю Азию .
Местообитания: В пределах России обитает в предгорных р-нах, известна по нескольким находкам в пещерах. В основной части ареала населяет горные леса до 1800 м н.у.м., а так же равнинные местообитания от полупустынь до ландшафтов паркового типа. Образует выводковые колонии (до 300-400 особей, обычно значительно меньше) в пещерах, гротах, в постройках человека (церквях, старых зданиях и т.п.). Размножается только один раз в году; детеныш (всегда один) рождается в конце июня. Молодые детеныши становятся на крыло где-то через месяц.А половой зрелости достигают,обычно, на втором году жизни. Периодом наибольшей смертности является зимовка,особенно опасна она для молодняка. Сезонных миграций на дальние расстояния не совершает. Насекомоядна: рацион включает до 12 отрядов и 37 семейств членистоногих, но основой питания являются пауки.
Численность: Численность по всему району невысока, и, по-видимому, сокращается. Существующие оценки численности популяции трехцветной ночницы на территории России в 51-120 тыс. особей при плотности 1-2 особи/км2 положены на ее относительном обилии в отловах рукокрылых. Однако встречи и часто большой размер выводковых колоний указывает на весьма большую неравномерность распределения этого вида по территорям, несмотря на довольно широкий спектр заселяемых биотопов. При современном,нынешнем уровне изученности трехцветной ночницы реально оценить ее численность на территории России считается невозможно. Так же непонятны естественные факторы (кормовые ресурсы, убежища, особенности биотопа, климат, паразиты, и т.д.), которые ограничивают численность и распространение вида. Для прямого воздействия больше всего уязвимы выводковые колонии, открыто размещающенные в пещерах и постройках человека, причем опасно не только прямое уничтожение, но также фактор беспокойства, особенно в период лактации, когда детеныши все еще не могут покинуть убежище.