Редкий и уязвимый вид подковоноса с местами сокращающейся численностью. В России встречается в Предкавказье, на Северном Кавказе от Черноморского побережья Краснодарского края до Дагестана. Ареал обитания вне России протягивается от Ирландии, доходя до Кашмира и северо-запада Гималаев.

Встретить их можно в подземельях, скальных трещинах и постройках человека на предгорьях и среднем поясе гор не выше, чем на высоте два километра. Также населяют равнины с пересеченным рельефом и обязательным наличием карстовых пещер.

Максимальная продолжительность жизни 18 лет, но в основном живут не более трех. Половое созревание происходит на втором году жизни, но некоторые самки в популяции не размножаются вовсе. Роды происходят в конце июня и начале июля. Рождается, как правило, единственный детеныш. Соотношение полов среди новорожденных один к одному, но среди взрослых особей количество самцов выше, что, скорее всего, связано с различной биотопической приуроченностью полов.

Так как плотность населения малого подковоноса на территории России (внутри ареала) была оценена в 2-5 особей на квадратный километр, общая численность была оценена в 80-100 тысяч особей, что в несколько раз превосходит данные по плотности для ряда мест Средней Европы. Однако, учитывая малую изученность это вида в России, эти цифры вряд ли можно считать достоверными. Так как расселяются малые подковоносы маленькими выводковыми группами по нескольку десятков особей, этот вид почти не подвержен непосредственному истреблению со стороны человека. По-видимому наибольшую опасность для него представляет косвенное антропогенное воздействие, однако эти механизмы ещё должным образом не изучены.

Занесен в Красный список МСОП-96.